La iglesia y exconvento de San Agustín alberga 1.197 enterramientos entre 1680 y 1814, según investigadores como Carmen Dolores Chinea Brito y Lorenzo Santana Rodríguez, aunque son más si se suman los anteriores.
Como ejemplo de lo dicho, el historiador José Rodríguez Moure señala que de 1501 data la losa sepulcral de Jorge Grimón situada frente al altar y la califica como la más antigua de La Laguna.
Moure añade que la del citado fallecido junto con la de los Mazuelos y el general Corcuera son las lozas que se conservaban cuando escribió su guía de La Laguna. La realidad es diferente, ya que, después de haber sufrido un incendio la iglesia de San Agustín en 1964, en el año 1985 se llevaron a cabo unas obras que atentaron contra el patrimonio con intervención de una pala mecánica para retirar los escombros, que hizo desaparecer elementos de la iglesia y romper las losas sepulcrales.
Dado que el grupo político Si se Puede ha sugerido un estudio de los enterramientos que hay en San Agustín y la recuperación de los restos mediante una excavación, cabe recordar, como ejemplo, que otro de los antiguos enterramientos es el de Jerónimo de Valdez ,que mandó a ser enterrado en una capilla que tuvo en el templo. También son relevantes los restos de San Fortunato, mártir, extraídos en 1680 de las catacumbas de Roma y regalados el año siguiente al marqués de Villanueva del Prado, quien los trasladó a San Agustín en 1925.
En la capilla de la Encarnación fueron sepultados Pedro Lobo y su mujer, María Mazuelos, como primeros patronos que fueron de Isabel Cataño.
También cabe mencionar entre las sepulturas las de Fernando de Nava Jerónimo y del Hoyo y Cristóbal de Frías, hijo del conde de Salazar.
La capilla donde más personas fueron enterradas, en número de 20, fue la del Cristo de Burgos.
Es de destacar que con el incendio de San Agustín desaparecieron los restos del historiador Núñez de la Peña, que estaban en un nicho en la pared, entrando en la iglesia a mano derecha.