El diagnóstico elaborado por la Consejería de Educación también pone el foco en el peso que tienen los salarios dentro del sistema universitario del Archipiélago. Solo hay otra comunidad, Castilla La Mancha, donde las retribuciones del personal son más elevadas. En el caso de los centros públicos de las Islas, en 2012 representaban el 71,4% del presupuesto.
Esta proporción tiene efectos positivos y negativos. Por un lado, implica que los gastos corrientes están por debajo de a la media, lo que es positivo desde el punto de vista de la contención. Por otro lado, "reduce significativamente el margen para invertir en políticas de innovación y mejora de la calidad".