Antes de viajar a Fátima, meta de su viaje, se reunió con el mundo de la cultura portuguesa y exhortó a los intelectuales a "no tener miedo" a confrontarse con Dios y a dialogar con los creyentes.
Dijo que un pueblo que reniega de Dios "acaba perdido en los laberintos del tiempo y de la historia, sin valores claramente definidos y sin objetivos", y abogó por una "ciudadanía mundial" basada en los derechos humanos y la responsabilidad ciudadana, independientemente del origen étnico, pertenencia política y creencias religiosas.
En medio de multitudes, el Pontífice llegó a Fátima siguiendo las huellas de Pablo VI, que la visitó en 1967, y Juan Pablo II, que lo hizo en 1982, 1981 y 2000.
Lo primero que hizo fue postrarse ante la Virgen y pedirle que "el Papa sea firme en la fe, audaz en la esperanza y fuerte en el amor".
Afirmó que acudió a Fátima para pedir a la Virgen por la humanidad "afligida de miserias y sufrimientos", disfrutar de la presencia de María y poner bajo su protección a los sacerdotes, a los que pidió "fidelidad y lealtad" y que no cedan a las "lisonjas del mundo y a la sugestión del diablo".
Durante la tradicional procesión nocturna de las velas de Fátima, denunció que la humanidad "sufre y está herida" y que la fe corre el riesgo de apagarse en muchas partes del mundo.
En el día grande de Fátima, el 13 de mayo, cuando se conmemora la primera de las seis apariciones de la Virgen a los tres niños videntes Lucía, Jacinta y Francisco en 1917 y les confío el llamado "Secreto de Fátima", Benedicto XVI aseguró que "se equivocan" quienes piensan que el mensaje "ha terminado".